內設機構：

秘書局：負責機關文電、會議、機要、檔案、信息化、安全保密、信訪、財務等機關行政事務和日常運轉工作。

一  局：承擔落實中央港澳政策有關工作。

二  局：承擔政治領域內地與特別行政區官方交往、因公往來、交流合作工作。

三  局：承擔經濟領域內地與特別行政區官方交往、因公往來、交流合作工作。

四  局：承擔文化、教育、青年等領域內地與特別行政區官方交往、因公往來、交流合作工作。

五  局：承擔醫療衞生、民族、宗教、勞工、社會服務等領域內地與特別行政區官方交往、因公往來、交流合作工作。

六  局：承擔協調特別行政區開展維護國家安全有關工作。

七  局：承擔協調涉港澳宣傳工作，承擔港澳新聞機構駐內地記者站和記者管理工作，承辦新聞發佈工作。

八  局：承擔涉港澳有關法律法規草案起草和司法領域內地與特別行政區官方交往、因公往來、交流合作工作。

機關黨委（幹部局）：負責機關及直屬單位黨的建設和紀檢、幹部人事、外事工作，領導機關群團組織的工作，承擔內地人員因公赴港澳政策擬訂、人員審核和港澳通行證簽發管理工作。    

直屬單位：

港澳研究所、機關服務中心